南京雨花石博物馆是一座现代气息与传统文化相互融合的建筑艺术精品。其外形朴实、端庄,整体建筑外观呈水平轮廓,西侧叠瀑,东部水潭为建筑延伸。屋顶上的三面飞檐,如一只展翅飞翔的大鹏,寓意雨花石文化的发展腾飞。馆门西侧设有大型《雨花石的传说》铜雕,再现了云光法师讲经说法,感天动地,天降花雨的场景。